沙眼衣原体感染导致不孕不育：可能通过性交传染给女性，引起女性感染导致女性不孕。因此，男性检查出沙眼衣原体后，女性也应检查沙眼衣原体。
男女双方只要有一方感染沙眼衣原体，双方就应同时治疗性病多数由于不洁性交引起，往往是多种病原体同时感染。目前，最多见的是合并淋球菌感染、解脲支原体感染、单纯疱疹病毒感染等。
沙眼衣原体感染往往是生殖泌尿系统同时感染，是男性的一个主要原因。沙眼衣原体可侵入曲细精管，干扰精子形成，导致精子畸形，影响精子运动而导致男性不育。女性感染沙眼衣原体，不仅能导致不孕，还可能导致异位妊娠。
沙眼衣原体感染治疗时应注意疗程，要足且男女必须同治同时，要注意治疗中可能存在的其他性病，治疗的关键在于科学地认识与正确地对待，切忌盲目就医。
